% 打开文件
load('matlab.mat');
fid = fopen('..\dataset\gene_name.txt', 'r');

% 初始化一个空的cell数组来存储基因名称
gene_names = {};
gene_index=[];
% 逐行读取文件
count=0;
row=1;
proteinGeneMatrixNow=zeros(size(proteinGeneMatrix,1),3118);
while ~feof(fid)
    line = fgetl(fid); % 读取一行
    if ~isempty(line)
        % 去除_HUMAN后缀
        gene_name = strtrim(line(1:end-6)); % 假设后缀是_HUMAN并且长度为6
        gene_names{end+1} = gene_name; % 将处理后的基因名称添加到cell数组中
        geneIndex = find(strcmp(colIndexMatrix, gene_name));
        
        if ~isempty(geneIndex)
                gene_index=[gene_index,geneIndex];
                count=count+1;
                proteinGeneMatrixNow(:,row)=proteinGeneMatrix(:,geneIndex);
                interactionRow(geneIndex) = true; % 设置交互矩阵对应位置为true
        else    gene_index=[gene_index,-1];
        end
    end
    row=row+1;
end


% 关闭文件
fclose(fid);
